清水澳位於后澳南方，早期貨物均在此進出為重要的補給港口，整個海面停滿商船，非常熱鬧。

之後東、西引兩島間的橋樑開通後，中柱港開始啟用，清水澳因而卸下重責大任。清水澳西岸有一塊伸入海中的陸地，遠看狀似鱷魚，所以又稱為「鱷魚島」。傳說過去兇猛的鱷魚經常會隨著魚群沿著河水到清水澳作怪，所幸玉帝相助降服了這隻鱷魚，漁民才得以恢復平靜，也才有今天的鱷魚島。